Meilutyte nu a fost găsită la trei controale antidoping inopinate, pe 22 aprilie şi 19 august 2018 şi pe 28 martie 2019.
Potrivit unui comunicat al Federaţiei lituaniene de nataţie, Meilutyte şi-a asumat deplina responsabilitate pentru faptul că nu a fost găsită la aceste controale.
Sportiva susţine că a completat greşit formularele de localizare. Ea are la dispoziţie 12 zile pentru a oferi explicaţii scrise federaţiei internaţionale de profil, FINA, înainte ca aceasta să deschidă o procedură disciplinară.
Directoarea Agenţiei Lituaniene Antidoping, Kristina Jagminiene, a afirmat că este vorba de o "greşeală ruşinoasă" comisă de înotătoare, care până acum nu a avut probleme cu dopajul. Un sportiv care nu a fost găsit la trei controale antidoping într-un an riscă o suspendare de doi ani. O asemenea sancţiune ar face ca înotătoarea să rateze JO de la Tokyo.
După o lungă perioadă de antrenament în Anglia, Meilutyte a revenit în ţară, apoi, suferind de depresie, a locuit în Irlanda şi Australia. De la începutul sezonului, sportiva se antrenează în California.
În 2015, ea a luat poziţie în public împotriva rivalei sale ruse Iulia Efimova, care a primit o suspendare de 16 luni după ce a fost depistată pozitiv la un steroid. Efimova şi Meilutyte au fost mari rivale înaintea JO 2016 de la Rio. Meilutyte, accidentată la cot, nu a terminat decât pe locul 7 la acea competiţie.